Dans 99 % des cas, vous vous rendrez aux Galápagos en avion. C’est possible en bateau, mais la distance avec le continent est vraiment très grande, donc ce n’est presque jamais la solution retenue, sauf si vous êtes en mode croisière.
Mais qui dit avion dit formalités et pas mal d’étapes. Prévoyez un peu d’argent et pas mal de temps pour tout faire une fois à l’aéroport, sinon votre voyage pourrait vraiment se retrouver chamboulé. Je vais essayer de partager avec vous notre expérience ici.

Prévoir 4 heures à l’aéroport, pas 2
Sur le papier, c’est un vol intérieur : Guayaquil ou Quito vers Baltra ou San Cristóbal, dans le même pays, sans passeport à présenter. Dans les faits, rien ne se passe comme sur un vol intérieur.
Les Galápagos sont un territoire protégé, et l’Équateur en contrôle l’accès comme une frontière : contrôle d’identité dédié, délivrance d’une carte de transit, scanner spécifique de tous les bagages, taxes à régler en espèces. Chaque étape a sa file, et ces files s’additionnent.
Comptez quatre heures avant le décollage, pas deux. Beaucoup de voyageurs l’ignorent : nous en avons vu supplier pour passer devant, à quelques minutes de leur embarquement, parce qu’ils étaient arrivés avec les réflexes d’un vol domestique ordinaire.
Les étapes, dans l’ordre
L’ordre compte, car sauter une étape oblige à recommencer la file.
1. Le contrôle d’identité dédié. C’est là qu’on vous délivre la carte de transit INGALA, contre 20 US$ par personne. Sans elle, la suite est bloquée.
2. Le scanner de biosécurité. Tous les bagages y passent, soute et cabine, pour empêcher l’introduction d’espèces animales ou végétales sur l’archipel. C’est un scanner distinct de celui de la sécurité classique.
3. La pose du ziptie vert. Une fois le bagage validé, il est scellé. Ce lien atteste du contrôle : ne le coupez pas avant l’arrivée.
4. L’enregistrement au comptoir de la compagnie et la remise des cartes d’embarquement.
5. Le contrôle de sécurité habituel, celui de n’importe quel aéroport.

Les taxes à payer, en espèces
C’est le poste que les budgets oublient le plus souvent, et il est lourd. Tout se règle en dollars américains, en espèces. Aucune carte n’est acceptée, et les distributeurs sont rares une fois sur place : retirez sur le continent.
Carte de transit INGALA : 20 US$ par personne, avant l’enregistrement.
Entrée du parc national : 200 US$ par personne, à payer à l’arrivée, à Baltra ou à San Cristóbal. Attention à ce chiffre : il était de 100 US$ jusqu’en août 2024, date à laquelle il a doublé.
Taxe de l’île Isabela : 5 US$, portée à 10 US$ en cas d’arrivée par avion.
Pour deux personnes arrivant par avion et passant par Isabela, cela représente environ 460 US$ de frais obligatoires, avant la première nuit d’hôtel.
À l’arrivée à Baltra
Baltra surprend : c’est une île sans habitants. Il n’y a que l’aéroport, quelques bâtiments techniques, et rien d’autre. Personne n’y dort.
À la descente d’avion, trois étapes s’enchaînent : passage à l’immigration, paiement de l’entrée du parc national, puis un nouveau scanner des bagages — le contrôle fonctionne dans les deux sens. Ne ramassez rien sur l’île pour le ramener chez vous, vous pourriez avoir des problèmes.
Rejoindre Santa Cruz demande ensuite trois moyens de transport successifs : un bus ou un taxi jusqu’au canal d’Itabaca, un bateau pour franchir le bras de mer qui sépare Baltra de Santa Cruz, puis un taxi — un pick-up blanc, il n’y a que ça — pour traverser l’île jusqu’à Puerto Ayora.
Dans le détail : le bus jusqu’au canal d’Itabaca, une traversée en bac de cinq minutes, puis trois quarts d’heure de route jusqu’à Puerto Ayora. Comptez une bonne heure en tout, davantage si vous attendez le bus ou le bac. Si votre séjour est organisé, quelqu’un vous attendra à chaque étape ; sinon, prévoyez des espèces pour payer votre transport.

Par où passer : Quito, Guayaquil ou Cuenca
Trois villes du continent relient l’archipel, et toutes les trois sans escale. Deux compagnies seulement assurent la liaison : LATAM et Avianca.
- Guayaquil — environ 1 h 55 de vol, 3 à 5 départs par jour
- Quito — environ 2 h 05, 1 à 3 départs par jour
- Cuenca — environ 1 h 50, au mieux un départ par jour
Guayaquil concentre à elle seule plus de 70 % des départs vers l’archipel : c’est la porte d’entrée la plus souple si un vol est décalé ou annulé, parce qu’il y a toujours un autre avion derrière. Mais si votre vol international atterrit à Quito, inutile de redescendre à Guayaquil : la liaison est directe, et vous n’y perdez qu’une dizaine de minutes de vol.
Fréquences et durées relevées à l’automne 2026. Elles bougent d’une saison à l’autre : vérifiez avant de réserver.
Nous sommes passés par Guayaquil, et le vol a duré environ deux heures.
Un point technique a son importance si vous arrivez de l’étranger : il faut récupérer ses bagages à Guayaquil pour les présenter au scanner de biosécurité. Ils ne sont pas acheminés directement jusqu’aux Galápagos.
Ajoutez à cela que les vols pour l’archipel partent tôt le matin, et la conclusion s’impose : dormir sur place la veille n’est pas du luxe. Arriver de nuit après un long courrier, puis affronter quatre heures de formalités à l’aube, est le meilleur moyen de commencer le voyage épuisé.



